和研究有關的事情

超好用的PDB結構分析網頁 < PDBsum >

 

這個網頁是老師今年去參加ECM32時PDB database人員所大推的統合分析PDB用網頁，真的超級好用，以下就對這個網頁好用之處進行說明。

1.可以提供所有的交互作用相關訊息:在過去你要分析一個PDB內的各種交互作用，你必須去下載PDB下來然後自己再去看分子間的氫鍵或其他鍵結在哪裡發生？或者是在把PDB丟到網路上的分析用網頁，請他幫你分析；再不然就是看paper中作者自己的分析結果，這些分析的方法可能因為標準的不同，而造成結果不一致，或者是需要耗費很多時間去看結構與分析。這個網頁完全的克服這些缺點，可以把蛋白質蛋白質間的交互作用(含極性、電性與雙硫鍵)、蛋白質與核酸間的交互作用、還有蛋白質與小分子間的交互作用(含極性、疏水性與共價鍵)，所有的資訊都提供給你，只要你輸入PDB code，就可以簡單地看到些訊息。

2.Output的分析結果種類繁多且漂亮:這個網頁所分析的結果可以以文字檔、圖片以及pdf的不同檔案模式輸出，圖片都很漂亮且清晰，可以省去重新作圖的步驟。

3.缺點就是他只能分析現有的PDB，無法讓你上傳你自己的PDB結構，不過PDB database的人是說他們正在討論開放上傳自己未發表的PDB結構的可能性。

PDBsum連結就在實驗室網頁的Links中

(實驗室網頁的Links都是超級有用的網路資源，有實驗、生資以及實驗原理相關的連結，請多去使用與探索看看吧!!)